Die Stiftung Seebachtal wurde 1994 gegründet und ist somit fast so alt wie der FLS. Sie bezweckt die Förderung der Vielfalt der natürlichen Lebensräume, Pflanzen und Tiere wie auch die Erhaltung der naturnahen Kulturlandschaft rund um den Hüttwiler-, den Hasen- und den Nussbaumersee. Der FLS hat das Engagement für die einzigartige Thurgauer Seenlandschaft von Anfang an unterstützt und einen wesentlichen Teil zur erfolgreichen Geschichte der Stiftung beigetragen.
In den letzten Jahren konnten im Seebachtal, einer Landschaft von nationaler Bedeutung, zahlreiche Renaturierungsmassnahmen zur Förderung der Biodiversität durchgeführt werden. Erfolgskontrollen bestätigten, dass erfreulicherweise bei allen untersuchten Pflanzen und Tieren eine Zunahme der Artenvielfalt festgestellt werden konnte.
Die Bemühungen der Stiftung, die vom FLS bisher mit insgesamt 1,9 Millionen Franken unterstützt worden sind, wurden auch national anerkannt. Seit 2001 ist das ganze Seebachtal im Bundesinventar der Amphibienlaichgebiete von nationaler Bedeutung aufgeführt, und neu ist ein Teil des Gebietes auch als Flachmoor von nationaler Bedeutung anerkannt.
Im Jahr 2020 konnten wieder diverse Aufwertungsmassnahmen durchgeführt werden: Das Grundriet, vor kurzem noch eine trockene Fettwiese, wird jetzt seinem Namen wieder gerecht. Mittels Oberbodenabtrag und Aufhebung von Drainagen konnte wieder eine Vernässung erreicht werden. Am Rand wurden fünf Amphibientümpel mit unterschiedlicher Tiefe erstellt – ein willkommener Lebensraum für den seltenen und stark gefährdeten Laubfrosch.
Im eher trockenen Randbereich wurde eine extensive Blumenwiese angesät und ein Streifen mit einer Hochstaudenflur angelegt. Entlang der Grenze zum wiederhergestellten Flachmoor sind mehrere Heckenabschnitte geplant. Sie werden der Vernetzung und als Rückzugsmöglichkeit für verschiedene Tiere dienen. Die kleine Scheune am nördlichen Rand des Projektperimeters soll erhalten und soweit nötig stabilisiert werden. Sie ist charakteristisch für dieses Gebiet. Ihre Nutzung wird in Zusammenarbeit mit dem lokalen Natur- und Vogelschutzverein als Unterschlupf für verschiedene Tierarten wie Vögel oder Fledermäuse optimiert.
Die Stiftung Seebachtal ist auch in Zukunft bemüht, die Biodiversität zu steigern, sei es mit weiteren Renaturierungen oder auch mit optimierter Pflege durch die örtlichen Landwirte.