Im Unterschied zu privaten Organisationen und Stiftungen im Bereich Natur- und Landschaftsschutz ist der FLS weder politisch noch juristisch tätig.
Er fasst keine Abstimmungsparolen und macht keinerlei Einsprachen. Als Institution des Bundes unterscheidet er sich klar von privaten Schutzorganisationen, die über das Verbandsbeschwerderecht verfügen und politische Aktivitäten entfalten. Der FLS engagiert sich vielmehr ausschliesslich finanziell und beratend zugunsten konkreter Projekte, die auf freiwilliger Basis realisiert werden. Er lanciert keine eigenen Projekte, sondern reagiert auf Beitragsgesuche, die bei ihm eingereicht werden. Im Unterschied zu andern Geldgebenden beschränkt sich der FLS nicht bloss auf das Zusprechen und Auszahlen finanzieller Beiträge. Die Mitglieder der FLS-Kommission und die angestellten Mitarbeitenden der Geschäftsstelle begleiten die geförderten Projekte vielmehr auch während der Ausführung der unterstützten Massnahmen – die zugesicherten Beiträge werden in der Regel erst ausbezahlt, wenn die Massnahmen fachgerecht ausgeführt sind. Nur in Ausnahmefällen wurden Beiträge an Landkäufe und Unterschutzstellungen gewährt.